Unidades Centrales de Apoyo a la Investigación Biomédica

Unidad de Espectrometría de Masas e Imagen Molecular de IMIBIC (IMSMI)

La Unidad de Espectrometría de Masas e Imagen Molecular de IMIBIC (IMSMI) ofrece soporte altamente especializado en las últimas técnicas de espectrometría de masas disponibles a aquellos investigadores y usuarios que así lo requieran. Esta Unidad, está especializada en ofrecer servicios en tres de las grandes -ómicas como son Proteómica, Lipidómica y Metabolómica. Además, está particularmente especializada en Imagen Molecular (MS-Imaging).

IMSMI ofrece sus servicios tanto a los grupos de investigación de IMIBIC, de la Universidad de Córdoba, del Hospital Universitario Reina Sofía, como de otras universidades, hospitales y compañías del sector privado.

La unidad posee cuatro líneas de trabajo principales:

• i) Línea de Proteómica Clínica, compuesta por un cromatógrafo líquido de alto rendimiento acoplado a espectrometría de masas (LC-MS/MS). Proporciona a los investigadores y usuarios el acceso a análisis de Proteómica Clínica cuantitativa en líquido y sin marcaje (DDA, DIA y PRM). Los estudios que pueden desarrollarse en esta línea van desde pequeños experimentos de pilotaje o pequeñas poblaciones a grandes experimentos con cientos de muestras y que necesiten de una velocidad y calidad superior.
• ii) Línea de Lipidómica, compuesta por un cromatógrafo líquido acoplado a espectrometría de masas (LC-MS/MS). Presta servicio de identificación y cuantificación de especies lipídicas en muestras de manera dirigida (targeted) o no dirigida (untargeted) a alta resolución.
• iii) Línea de Metabolómica, formada por un cromatógrafo líquido acoplado a espectrometría de masas (LC-MS/MS). Ofrece servicio de identificación y cuantificación de metabolitos en muestras de manera dirigida (targeted) o no dirigida (untargeted) a alta resolución.
• iv) Línea de Imagen Molecular (MS-Imaging), que provee a los investigadores y usuarios información espacial sobre metabolitos, lípidos, proteínas/péptidos directamente de tejidos y biopsias.

Además, IMSMI proporciona soporte a sus usuarios de manera individualizada y personalizada incluyendo en el mismo el diseño experimental, preparación de muestra, análisis mediante espectrometría de masas y análisis de datos tanto básico como avanzado, incluyendo los últimos avances disponibles en su área de conocimiento.

La unidad de Espectrometría de Masas e imagen Molecular dispone de un Sistema de Gestión de Calidad conforme a la Norma de Calidad ISO 9001:2015.

Personal

Equipamiento e instalaciones

• Espectrómetro de masas QTOF, MALDI-TOF, TIMSTOF-Flex (Bruker) (Última actualización: 2022)
• Espectrómetro de masas Q-TOF, TIMSTOF-Pro (Bruker) (Última actualización: 2021)
• EVOSEP-ONE (Evosep) (Last update: 2021)
• ELUTE UHPLC (Bruker) (Last update: 2021)
• Sprayer: HTX M5 (HTX Technologies) (Last update: 2021)
• Principales programas (y lenguajes de programación) utilizados para el análisis de datos: Protein Pilot, Comet and X!Tandem, Proteowizard, TransProteomicsPipeline, MS-Fragger for protein identification; Peak View, Marker View, Skyline, DIANN, MS-Fragger for protein quantification and spectral library generation; Tissue View, MSiReader, Spectralanalysis, Cardinal, SCILS for Maldi Imaging MS. R, Python and Matlab. MetaboScape and TASQ for metabolomics/lipidomics workflow (Última actualización: 2018 - 2021)
• PaSER: Parallel Search Engine in Real-time (Bruker) (Last update: 2021)
• Equipamiento básico para preparación de muestras (Last update: 2021)
• Spectronaut 17 (Biognosys) (Last update: 2022)

Servicios

• Identificación y caracterización de proteínas mediante LC-MS/MS: DDA-PASEF
• Proteómica Cuantitativa:
  • DIA-PASEF
  • DIA-SWATH
  • PRM-PASEF
  • SRM (Selected Reaction Monitoring, QqQ)
  • Clinical Proteomics analysis using Evosep-One
• Lipidómica y Metabolómica: Identificación, caracterización y/o cuantificación de pequeña molécula en un amplio rango de muestras
• Imagen Molecular (MSImaging (Proteómica/Lipidómica))
• Supervisión de proyectos. Colaboraciones.
• Formación en software utilizado para el análisis de datos

Publicaciones más relevantes

2024

• Mass spectrometry imaging in environmental monitoring: From a scarce existing past to a promising future. Ana María Herruzo-Ruiz, Angela Peralbo-Molina, Cristina-María López, Carmen Michán, José Alhama, Eduardo Chicano-Gálvez. Trends in Environmental Analytical Chemistry. Volume 42, June 2024. https://doi.org/10.1016/j.teac.2024.e00228

2023

• Development of a Prediction Modelo for Short-Term Remission of Patients with Crohn's Disease Treated with Anti-TNF Drugs. Rosario Medina-Medina et al. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24(10), 8695; https://doi.org/10.3390/ijms24108695
• Development of a Prediction Model for Short-Term Remission of Patiens with Crohn's Disease Treated with Anti-TNF Drugs. Rosario Medina-Medina, Eva Iglesias-Flores, Jose M. Benítez, Sandra Marín-Pedrosa, Isabel Salguerio-Rodríguez, Clara I. Linares, Sandra González-Rubio, Pilar Soto-Escribano, Beatriz Gros, Manuel L. Rodríguez-Perálvarez, José L. Cabriada, María Chaparro, Javier P. Gisbert, Eduardo Chicano-Gálvez, Ignacio Ortea, Gustavo Ferrín, Valle García-Sánchez and Patricia Aguilar-Melero. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24(20), 8695. May 12, 2023. https://doi.org/10.3390/ijms24108695
• The thrombus proteome in stroke reveals a key role of the innate immune system and new insights associated with its aetiology, severity and prognosis. Chary Lopez-Pedrera, Rafael Oteros, Alejandro Ibáñez-Costa, María Luque-Tévar, Laura Muñoz-Barrera, Nuria Barbarroja, Eduardo Chicano-Gálvez, Juan Marta-Enguita, Josune-Orbe, Francisco Velasco, Carlos Perez-Sánchez. Journal of thrombosis and haemostasis. April 24, 2023 DOI:https://doi.org/10.1016/j.jtha.2023.04.015
• Spatial and Temporal Protein Modules Signatures Associated with Alzheimer Disease in 3xTg-AD Mice Are Restored by Early Ubiquinol Supplementation. Emilio Llanos-González , Francisco J. Sancho-Bielsa, Javier Frontiñán-Rubio, Yoana Rabanal-Ruíz, Sonia García-Carpintero, Eduardo Chicano, Isabel Úbeda- Banon, Alicia Flores-Cuadrado, Lydia Giménez-Llort, Francisco Javier Alcaín, Juan Ramón Peinado and Mario Durán-Prado. Antioxidants 2023, 12(3), 747; https://doi.org/10.3390/antiox12030747
• Data Processing and Analysis in Mass Spectrometry-Based Metabolomics. Ángela Peralbo-Molina, Pol Solà-Santos, Alexandre Perera-Lluna, Eduardo Chicano-Gálvez. Methods Mol Biol. 2023;2571:207-239. doi: 10.1007/978-1-0716-2699-3_20

2022

• The NtrYX Two-Component System of Paracoccus denitrificans Is Required for the Maintenance of Cellular Iron Homeostasis and for a Complete Denitrification under Iron-Limited Conditions. Alfonso Olaya-Abril, Víctor M Luque-Almagro, Jesús Hidalgo-Carrillo, Eduardo Chicano-Gálvez, Francisco J Urbano, Conrado Moreno-Vivián, David J Richardson, María Dolores Roldán. Int J Mol Sci. 2022 Aug 15;23(16):9172. doi: 10.3390/ijms23169172.

• Discriminator for Cutaneous Leishmaniasis Using MALDI-MSI in a Murine Model. Journal of the American Society for Mass Spectometry, 2022. Barajas-Solano,C., Muñoz,B., Chicano-Gálvez,E. Escobar,P., & Mejía-Ospino,E.

• Características clínicas y estudio de marcadores de cáncer broncogénico en una matriz no invasiva mediante proteómica. Rev Esp Patol Torac 2022; 34 (1) 04-82. M.S. Arenas-De Larriva, A. Fernández-Vega, E. Chicano Gálvez, B. Jurado-Gámez, I. Ortea.

• Multi-laboratory experiment PME11 for the standardization of phosphoproteome analysis. Núria Colomé et al. Journal of Proteomics, Vol 251, 16 january 2022, 104409.

2021

• MALDI Mass Spectrometry Imaging and Spatially-resolved Proteomics. E Chicano-Galvez, M Salzet, I Fournier - MALDI Mass Spectrometry Imaging, 2021

2020

• Optimization of a MALDI-Imaging protocol for studying adipose tissue-associated disorders. Fernández-Vega A, Chicano-Gálvez E, Prentice BM, Anderson D, Priego-Capote F, López-Bascón MA, Calderón-Santiago M, Avendaño MS, Guzmán-Ruiz R, Tena-Sempere M, Fernández JA, Caprioli RM, Malagón MM, Talanta.2020 Nov 1;219:121184. doi: 10.1016/j.talanta.2020

2019

• González-Fernández MJ, Fabrikov D, Ramos-Bueno RP, Guil-Guerrero JL, Ortea I.SWATH Differential Abundance Proteomics and Cellular Assays Show in Vitro Anticancer Activity of Arachidonic Acid-and Docosahexaenoic Acid-Based Monoacylglycerols in HT-29 Colorectal Cancer Cells. Nutrients 2019, 11, 2984
• López-Sánchez LM, Jiménez Izquierdo R, Peñarando J, Mena R, Guil-Luna S, Toledano M, Conde F, Villar C, Díaz C, Ortea I, De la Haba-Rodríguez JR, Aranda E, Rodríguez-Ariza A.SWATH-based proteomics reveals processes associated with immune evasion and metastasis in poor prognosis colorectal tumours. J Cell Mol Med.2019, 23, 8219-8232
• Michán C, Chicano-Gálvez E, Fuentes-Almagro CA, Alhama J. Redox and global interconnected proteome changes in mice exposed to complex environmental hazards surrounding Doñana National Park. Environ Pollut 2019, 252, 427-439
• Böhme K, Calo-Mata P, Barros-Velázquez J, Ortea I. Recent applications of omics-based technologies to main topics in food authentication. TrAC - Trends in Analytical Chemistry 2019, 110, 221-232.
• Böhme, K.; Calo-Mata, P.; Barros-Velázquez, J.; Ortea, I. Review of Recent DNA-Based Methods for Main Food-Authentication Topics. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2019, 67, 3854-3864.
• Garrido-Rodríguez M, Ortea I, Calzado MA, Muñoz E, García V. SWATH proteomic profiling of prostate cancer cells identifies NUSAP1 as a potential molecular target for Galiellalactone. J Proteomics. 2019, 20;193:217-229.

2018

• Ortea I, Ruiz-Sánchez I, Cañete R, Caballero-Villarraso J, Cañete MD. Identification of candidate serum biomarkers of childhood-onset growth hormone deficiency using SWATH-MS and feature selection. J Proteomics 2018, 20;175:105-113.
  
• Fernández A, Bayón GF, Sierra MI, Ortea I, Bonilla F, Fraga M. Loss of 5hmC identifies a new type of aberrant DNA hypermethylation in glioma. Hum Mol Genet. 2018 Sep 1;27(17):3046-3059.
• Ortea I, González-Fernández MJ, Ramos-Bueno RP, Guil-Guerrero JL. Proteomics Study Reveals That Docosahexaenoic and Arachidonic Acids Exert Different in Vitro Anticancer Activities in Colorectal Cancer Cells. J Agric Food Chem. 2018 Jun 20;66(24):6003-6012

2017

• Vialas V, Colomé-Calls N, Abian J, et al. A multicentric study to evaluate the use of relative retention times in targeted proteomics. J Proteomics. 2017 Jan 30;152:138-149

2016

• Prado M, Ortea I, Vial S, Rivas J, Calo-Mata P, Barros-Velázquez J. Advanced DNA- and protein-based methods for the detection and investigation of food allergens. Crit Rev Food Sci Nutr. 2016 Nov 17;56(15):2511-2542.
• Ortea I, Rodriguez-Ariza A, Chicano E, Arenas MS, Jurado B. Discovery of potential protein biomarkers of lung adenocarcinoma in bronchoalveolar lavage fluid by SWATH MS data-independent acquisition and targeted data extraction. J Proteomics. 2016 Apr 14;138:106-14.
• Ghedira J, Chicano-Gálvez E, Fernández-Cisnal R, Jebali J, Banni M, Chouba L, Boussetta H, López-Barea J, Alhama J. Using environmental proteomics to assess pollutant response of Carcinus maenas along the Tunisian coast. Sci Total Environ. 2016 Jan 15;541:109-118.
• Ortea I, Roschitzki B et al. Independent Candidate Serum Protein Biomarkers of Response to Adalimumab and to Infliximab in Rheumatoid Arthritis: An Exploratory Study. PLoS One. 2016 Apr 6;11(4):e0153140.
• Ortea I, O'Connor G, Maquet A. Review on Proteomics for food authentication. J Proteomics. 2016 Sep 16;147:212-22.

2015

• Chicano-Gálvez E, Asensio E, Cañavate JP, Alhama J, López-Barea J. Proteomic analysis through larval development of Solea senegalensis flatfish. Proteomics. 2015 Dec;15(23-24):4105-19.
• Abril N, Chicano-Gálvez E, Michán C, Pueyo C, López-Barea J. iTRAQ analysis of hepatic proteins in free-living Mus spretus mice to assess the contamination status of areas surrounding Doñana National Park (SW Spain). Sci Total Environ. 2015 Aug 1;523:16-27.
• de Andrés MC, Pérez-Pampín E, Calaza M, Santaclara FJ, Ortea I, Gómez-Reino JJ, González A. Assessment of global DNA methylation in peripheral blood cell subpopulations of early rheumatoid arthritis before and after methotrexate. Arthritis Res Ther. 2015 Aug 29;17:233